現代醫學認為,針灸的主要作用是調節人體功能，通過增強免疫系統功能而增加人體的抗病能力，此外，針灸尚有抗炎、止痛、解痙、抗休克和抗麻痺的作用。
世界衛生組織在一個區域內研討會上，暫定了以下可以用針灸治療的疾病名單，這一疾病名單的確定是基於臨床經驗，而不是臨床對照研究。另外，針灸治療對於所列出的某些疾病的有效程度尚未確立。
上呼吸道疾病：急性鼻竇炎、急性鼻炎、普通感冒、急性扁桃體炎。
呼吸系統疾病：急性支氣管炎、支氣管哮喘（對兒童和無併發症的患者較有效）。
眼科疾患：急性結膜炎、中樞性視網膜炎、兒童近視眼、無合併症的白內障。
口腔疾患：牙痛、拔牙後的疼痛、牙齦炎、急慢性咽炎。
胃腸道疾患：食道和噴門痙攣、呃逆、胃下垂、急慢性胃炎、胃酸分泌過多、慢性十二指腸潰瘍（緩解疼痛）、急性十二指腸潰瘍（無合併症）、急慢性結腸炎、急性桿菌性痢疾、便秘、腹瀉、麻痺性腸梗阻。
神經/肌肉疾患：頭痛和偏頭痛、三叉神經痛、面癱（早期，如3-6個月內）、中風後的癱瘓、末梢神經炎、脊髓灰質炎後遺症（早期，如6個月以內）、美尼爾氏症、神經性膀胱功能紊亂、尿床、肋間神經痛、肩頸綜合征、凍結肩（肩周炎）、網球肘、坐骨神經痛、下背部疼痛、骨關節炎。