配穴是在選穴的基礎上，選取兩個或兩個以上、主治相同或相近，具有協同作用的腧穴加以配伍應用的方法。其目的是加強腧穴的治病作用，配穴是否得當，直接影響治療效果。常用的配穴方法主要包括本經配穴、表裡經配穴、上下配穴、前後配穴和左右配穴等。配穴時應處理好主穴與配穴的關係，盡量少而精，突出主要腧穴的作用，適當配伍次要腧穴。
本經配穴法：某一臟腑、經脈發生病變而末涉及其它臟腑時，即選取該病變經脈上的腧穴，配成處方進行治療。如肺病咳嗽，可取肺募中府，同時遠取本經之尺澤、太淵。
表裡經配穴法：本法是以臟腑、經脈的陰陽表裡配合關係為依據。即當某一臟腑經脈有病時，取其表裡經腧穴組成處方施治。如，肝病可選足厥陰經的太沖配與其相表裡的足少陽膽經的陽陵泉。
同名經配穴法：是以同名經「同氣相通」的理論為依據，以手足同名經腧穴相配的方法。如，牙痛可取手陽明經的合谷配足陽明經的內庭；頭痛取手太陽經的後溪配足太陽經的崑崙等。
上下配穴法：是指將腰部以上或上肢腧穴與腰以下或下肢腧穴配合應用的方法。上下配穴法在臨床上應用廣泛，如胃病取內關配足三里，牙痛取合谷配內庭，脫肛或子宮脫垂取百會配長強。此外，八脈交會穴配合，如內關配公孫，外關配臨泣，後溪配申脈，列缺配照海等，也屬於本法的具體應用。
前後配穴法：前指胸腹，後指背腰。選取前後部位腧穴配合應用的方法稱為前後配穴法，亦名「腹背陰陽配穴法」。凡治臟腑疾患，均可採用此法。例如，胃痛前取中脘、梁門，後取胃俞、胃倉；哮喘前取天突、膻中，後取肺俞、定喘等。
左右配穴法：是指選取肢體左右兩側腧穴配合應用的方法。臨床應用時，一般左右穴同時取用，如心病取雙側心俞、內關，胃痛取雙側胃俞、足三里等；另外，左右不同名腧穴也可同時並用，如左側面癱，取左側頰車、地倉，配合右側合谷等；左側偏頭痛，取左側頭維、曲鬢，配合右側陽陵泉、俠溪等。
總之，在臨床上只要掌握中醫基礎理論及腧穴的主治作用，適當地選擇腧穴併合理地進行配伍，就能取得良好的療效。